В системе должен стоять пакет ImageMagick
В консоли делается так

$convert image.jpg -gravity SouthEast watermark.png -composite image.jpg

Из php соответственно так

exec('/usr/bin/convert '.$image_path.' -gravity SouthEast '.$watermark_path.' -composite '.$image_path)

Путь к бинарнику может отличатся в разных системах. В данном примере путь корректен для Linux. Для FreeBSD это будет /usr/local/bin/convert.